Thành Bát Quái này gần như hình bát giác, có tám cổng theo mẫu bát quái tượng trưng cho tứ phương chính cùng với các hướng phụ. Thành trải rộng từ Nam đến Bắc, từ đường Mac-Mahon (bây giờ là đường Nam Kỳ Khởi Nghĩa) tới bức tường thành đã bị phá (bây giờ là khu vực đường Đinh Tiên Hoàng và Tôn Đức Thắng) và từ Đông sang Tây, từ đường Espagne (bây giờ là đường Lê Thánh Tôn) đến đường Mọi (bây giờ là đường Nguyễn Đình Chiểu). Nguyễn Ánh đóng quân ở thành này suốt hai mươi hai năm, năm nào ông cũng đem quân đi đánh Tây Sơn khi gió mùa thuận lợi.

Thành nằm ở một cấu trúc giao thông đường bộ gồm có 3 trục chính[8]: đi Cao Miên chạy thẳng ra cảng Bến Nghé; đi các tỉnh miền Tây; đường đi về Đồng Nai. Đường sông gồm Sông Sài Gòn vừa đóng vai trò phòng thủ thành Bát Quái về phía Nam vừa đóng vai trò đường giao thông chính, cảng Bến Nghé (bến Bạch Đằng), có xưởng đóng tàu Ba Son là vị trí tiền tiêu, cửa ngõ để giao dịch buôn bán với các tàu nước ngoài. Ngoài ra còn có một hệ thống kênh rạch dày đặc như rạch Thị Nghè, kênh Bến Nghé, kênh Tẻ, rạch Cầu Kho và kênh Tàu Hủ nối liền các tỉnh miền Tây và cảng Bến Nghé, đây là con đường huyết mạch để vận chuyển lúa gạo, lương thực các loại.

Thành có 8 cửa, phía nam là cửa Càn Nguyên và cửa Li Minh, phía bắc là cửa Khôn Hậu và cửa Khảm Hiền, phía đông là cửa Chấn Hanh và cửa Cấm Chí, phía tây là cửa Tốn Thuận và cửa Đoài Duyệt. Thời Minh Mạng đổi tên các cửa: phía nam là cửa Gia Định và cửa Phiên An, phía bắc là cửa Củng Thần và cửa Vọng Thuyết, phía đông là cửa Phục Viễn và cửa Hoài Lai, phía tây là cửa Tĩnh Biên và cửa Tuyên Hóa.[9]

Các điểm dân cư, công trình kiến trúc hình thành từ tận khi những người Minh Hương đến đây vào khoảng năm 1680: công trình kiến trúc lúc này có là đồn lính, kho lương thảo, dinh quan trấn thủ như: kho Quản Thảo, dinh Tân Thuận, dinh Nặc Nộn, cùng một hệ thống đồn lính ngay cảng Bến Nghé. Các công trình tôn giáo và chợ búa phục vụ nhu cầu người dân, binh lính hình thành như chợ Điều Khiển, chùa Cây Mai. Đồng thời một số địa danh phản ánh sự hình thành điểm dân cư như Bầu Tròn, Thị Nghè, Đất Hội cũng ra đời. Từ năm 1801, nhờ sự hỗ trợ của Pháp, Nguyễn Ánh đánh bại Tây Sơn, thành lập triều Nguyễn, thống nhất Việt Nam. Lê Văn Duyệt được cử làm Tổng trấn Nam Kỳ và trú đóng tại Sài Gòn. Các công trình chợ búa, cảng, cửa hàng. kho hàng, các khối ngành nghề thủ công… xung quanh thành Bát Quái phát triển theo, xoá đi những điểm chợ búa và thương mại cũ ngày xưa và phần thị được hình thành một cách tự phát. Vì tình hình bất ổn, nhiều người Hoa ở Hà Tiên, Định Quán cũng chạy về vùng Sài Gòn gần thành Bát Quái hình thành nên vùng Chợ Lớn, giao thông với thành Bát Quái bằng kênh Tàu Hủ và một con đường độc đạo. Số cư dân của thành năm 1819 là khoảng một trăm tám chục ngàn (180.000) dân bản địa và mười ngàn (10.000) người Trung Quốc.[7][10]